多摩川精機株式会社

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DNA・RNAの固定化

2本鎖DNAの固定化

2本鎖DNAは基本ビーズに固定化できます。まず、グアニンがエポキシ基に結合しやすいので、グアニン4~10塩基を末端に突出させた2本鎖DNAを用意します。(ライゲーションする場合は相補鎖の末端にシトシンを同じ塩基数突出させます)。塩基長が短いと立体障害で標的タンパク質が回収できない可能性がありますので、必要に応じてライゲーション反応により連結させて500塩基対程度に調整します。この2本鎖DNAを基本ビーズと混合すると、突出しているグアニンとビーズ表面のエポキシ基が結合してDNAがビーズ上に固定化されます。

固定化用DNAの作製

DNAの固定化

1本鎖DNA・RNAの固定化

(1)2本鎖で固定化した後に解離させて1本鎖にする方法

1本鎖DNA、RNAも基本ビーズに固定化できます。1本鎖のままではDNA、RNAのいろいろな部分でビーズ上に固定化される可能性がありますので、2本鎖で固定化した後に解離させて1本鎖にします。RNAの場合はグアニンを4~10塩基導入したものと相補DNAとハイブリッドを形成させて、2本鎖DNAの固定化方法と同様に固定化します。固定化した後でアルカリ加熱処理をして相補DNAを解離させることで、1本鎖DNAやRNAが固定化されたビーズが作製できます。

2本鎖で固定化した後に解離させて1本鎖にする方法

(2)末端に官能基を導入してビーズに固定化する方法

DNAやRNAの末端に官能基を導入し、その官能基を介してFG beads®に固定化することもできます。NH2基を導入したDNA、RNAはNHSビーズに固定化できます。SH基を導入したDNA、RNAは表面にN-アルキルマレイミド基やヨードアセトアミド基を導入したビーズ上に固定化できます。ビオチン修飾されたをDNA、RNAはストレプトアビジンビーズ、ニュートラアビジンビーズに固定化できます。ストレプトアビジンビーズ、ニュートラアビジンビーズはDNA、RNAの塩基とは反応せず、末端に修飾されたビオチンと官能基と選択的に結合します。


NH2基を導入したDNA・RNAの固定化

NH2基を導入したDNA・RNAの固定化

SH基を導入したDNA・RNAの固定化

SH基を導入したDNA・RNAの固定化1 SH基を導入したDNA・RNAの固定化2

ビオチン基を導入したDNA・RNAの固定化

ビオチン基を導入したDNA・RNAの固定化